Cette surface est très sombre : elle ne réfléchit que 6 % de la lumière qu’elle reçoit. Elle est faite de matériaux granulaires noirs, qui peuvent être meubles comme du sable ou durs selon les endroits ; la glace nue n’apparaît que dans de rares puits qui sont à l’origine des jets de gaz et de poussières, mais la glace pourrait aussi constituer un élément relativement mineur du matériau sombre. La surface du noyau cométaire est très isolante de la chaleur : sa température extérieure fluctue entre 120 et 180 K selon l’ensoleillement, mais ces fluctuations s’atténuent très vite quand on pénètre à l’intérieur pour se stabiliser vers 150 K (-123 °C) en profondeur.
L’instrument CONCERT a fourni des données uniques sur l’intérieur du noyau, tout au moins dans la partie de la tête qui a seule pu être explorée. Elles indiquent une matière faite d’un mélange de glace et de poussières dont la nature ressemble à celle des chondrites carbonées (une classe de météorites très primitives). Cette matière est très poreuse car seulement 80% du milieu est vide, ce qui explique la faible densité de la comète (533 kg/m3, celle de la glace étant d’environ 900 kg/m3 et celle des poussières peut-être 5 fois plus grande). L’indice de réfraction de la matière cométaire diminue vers l’intérieur, ce qui implique soit que les poussières y sont moins abondantes, soit que le milieu est de plus en plus poreux.
Tout cela confirme et précise considérablement le modèle publié en 1950 par Fred Whipple.